Le conseil stratégique de l'innovation en santé comprend 53 membres et réunit les parties prenantes du système de santé.
Il est réuni une ou deux fois par an sous la présidence du Ministre en charge de la santé ou de la vice-présidente, Dominique Polton.
Il est chargé de formuler des propositions sur les innovations du système de santé, de présenter les orientations sur la base desquelles le comité technique de l'innovation en santé définit le cadre méthodologique d'évaluation. Il est associé au suivi des expérimentations et formule un avis en vue de leur éventuelle généralisation. Il a rendu 3 avis de fin d'expérimentation en 2022 pour Mission Retrouve ton Cap, Dépist'C Pharma et T3T.
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